Los «Guerreros» participaron en la Copa Merconorte en su edición del 2001, en la primera fase terminó líder de su grupo, obtuvo cinco victorias, las cuales fueron sobre Kansas City Wizards y el Barcelona SC en dos ocasiones y finalmente una ante el Sporting Cristal contra quien perdió de visitante por marcador de 2-1. En la ida de la semifinal venció al Emelec por 4-1 como local, pero en la vuelta Santos cayó por el mismo marcador obligando al desempate por tiros penales, camisetas retro futbol donde el Emelec derrotó a Santos 4-2 y lo eliminó del certamen.
